Szkoła Podstawowa nr 3 została utworzona we wrześniu 1924r. jako szkoła żeńska. Rejon szkoły obejmował ulice: Batorego, Głowackiego, Bażyńskich, Chrobrego, Czarnieckiego, Dworcową, Jagiellońską, Jana Olbrachta, Kanałową, Pod Dębową Górą, Małachowskiego, Polną, Przy Kaszowniku, Żółkiewskiego, Wiązową, Targową, Staszica, parzyste numery Szosy Chełmińskiej oraz Grudziądzką do nr 96

Szkoła objęła XIX wieczny budynek przy ulicy Bażyńskich 3, w którym mieściło się wcześniej Seminarium Ochroniarskie.
Od bomb niemieckich we wrześniu 1939r. ucierpiał budynek szkoły, w czasie okupacji przez Niemców rozebrany. Represje okupanta nie ominęły osób zw. Ze środowiskiem SP3. W listopadzie 1939r. gestapo aresztowało 4 nauczycielki szkoły. Osadzone najpierw w Forcie VII, a następnie wywiezione do więzień i obozów koncentracyjnych nie przetrzymały trudów okupacji.

Po zakończeniu wojny, SP 3 znalazła się w trudnej sytuacji. Wobec zniszczenia przedwojennej siedziby szkoła zmuszona była korzystać z gościnności SP 6 w gmachu przy ul. Łąkowej 11. 26 lutego 1945r. zajęcia rozpoczęły się w 12 oddziałach liczących po 45 uczennic, które uczyło 7 nauczycieli.
W roku szkolnym 1946/47 zmieniono rejony szkół toruńskich. SP 3 objęła ulice w rejonie zbliżonym do obecnego. W listopadzie 1946r. uczniowie i nauczyciele przenieśli się do nowej siedziby. Barak nr 2 był jednym z kompleksu baraków postawionych przez Niemców dla ukraińskiej policji. Część przekazana szkole objęła 10 izb lekcyjnych, kancelarię, pokój nauczycielski. W tym czasie do baraku obok wprowadziła się męska szkoła nr 5. W roku szkolnym 1948/49 wprowadzona została reorganizacja szkolnictwa. W efekcie powstał 2- stopniowy system szkoły ogólnokształcącej obejmujący 7 – letnią szkołę podstawową i 4 – letnie liceum. Wtedy też została wprowadzona koedukacja.

1 września 1959 roku uczniowie SP 3 rozpoczęli zajęcia w nowo otwartym budynku przy ulicy Żwirki i Wigury. Dwupiętrowy budynek zdecydowanie poprawił warunki nauki. Oprócz sal lekcyjnych spełniających warunki pracowni przedmiotowych, w nowej siedzibie znajdowała się przestronna aula.
12 czerwca 1963r. uroczyście oddano do użytku zbudowane w czynie społecznym przez uczniów boisko sportowe z bieżnią, skocznią wzwyż i w dal oraz miejscem na lodowisko.
Pierwszego dnia nauki w roku szkolnym 1964/65 odsłonięta została, umieszczona na budynku szkolnym, tablica pamiątkowa poświęcona kpt. Janowi Drzewieckiemu, którego imię otrzymała tego dnia toruńska „trójka”. Grób kapitana znajduje się na znajdującym się naprzeciwko szkoły cmentarzu przy ul. Żwirki i Wigury.

14 X 1976 szkole nadano sztandar.

W grudniu 1983r.władze miejskie przekazały na ręce pani dyrektor Czesławy Pieróg medal „Za udział w wojnie obronnej 1939r” przyznany pośmiertnie patronowi szkoły kpt. Janowi Drzewieckiemu.
Rok szkolny1990/91przyniósł problemy lokalowe. Do szkoły przybyło sporo dzieci z rozbudowanego osiedla „ Koniuchy”, zaś liczba sal nie zwiększyła się. Szansą na poprawę stało się przeniesienie pobliskiej szkoły nr 19 do nowej siedziby i zaadaptowanie go do użytku „trójki”. Po gruntownym remoncie dzięki wysiłkom rodziców, dyrekcji, nauczycieli i sponsorom 27 września 1991r po oficjalnym otwarciu budynku przy ul. Moczyńskiego przeniosły się tam klasy młodsze ( 1-3 ).

Rok szkolny 1992/93 rozpoczął się w odnowionej wewnątrz szkole. Pojawiły się kolorowe ściany, drzwi. Szkoła stała się nowocześniejsza i przyjazna dzięki odnowionym przez rodziców – sponsorów toaletach.
Rok szkolny 1995/96 rozpoczął się od rozbudowy szkoły. Nowa część z dużą salą gimnastyczną i 10 klasami miała zakończyć problemy lokalowe szkoły.
W roku szkolnym 1997/98 oddano do użytku nowe skrzydło i przystąpiono do remontu starej części. Klasy 1-3 przeszły do „ trójki” dopiero w marcu 1998r.

Od 1997 roku Szkoła i SKKT nr 12 działające przy szkole są organizatorami rajdu „Szlakami martyrologii im. Kpt. Jana Drzewieckiego”, który odbywa się zawsze w maju ze względu na Święto Patrona (8. V.).
Reforma szkolnictwa w 1998r. stworzyła 2 – stopniowy system szkolnictwa elementarnego: 6 – letnią szkołę podstawową i 3 – letnie gimnazjum. W związku z tym mieściły  się w budynku przy ulicy Żwirki i Wigury dwie szkoły.  Od  2001r. do sierpnia 2005r. szkoły obie współistniały jako Zespół Szkół nr 11.
Rok szkolny 2005/2006 rozpoczęliśmy uroczyście razem z władzami miasta w nowym budynku szkolnym przy ulicy Legionów 210.  Budynek jest przestronny, nowoczesny, wyposażony w nowy sprzęt. Podzielony na część dla uczniówk klas młodszych i starszych.

Wraz ze zmianą lokalizacji szkoły – tj. przeniesieniem do nowo wybudowanego gmachu, zmienił się rejon przynależnych do szkoły ulic. Uczęszczają  do szkoły dzieci  zamieszkałe 
w rejonie ulic: Mohna, Polna, Grudziądzka i Żwirki i Wigury.

Opracowała: D. Dobrańska